Miejskie Przedsiębiorstwo Komunikacyjne S.A. w Krakowie rozpoczęło swoją działalność w styczniu 1997 r., po przekształceniu Miejskiego Przedsiębiorstwa Komunikacyjnego Sp. z o.o.

W dniu 25.09.1996 r. została zawarta Umowa o utworzeniu Podatkowej Grupy Kapitałowej między Krakowskim Holdingiem Komunalnym S.A. - jako spółką dominującą, a Miejskim Przedsiębiorstwem Energetyki Cieplnej S.A., Miejskim Przedsiębiorstwem Wodociągów i Kanalizacji S.A., Miejskim Przedsiębiorstwem Komunikacyjnym Sp. z o.o. jako spółkami zależnymi.

Miasto Kraków jako jedyny akcjonariusz MPK Spółka Akcyjna, wniosło w charakterze aportu 100% akcji Spółki do kapitału Krakowskiego Holdingu Komunalnego S.A.

Funkcje właścicielskie wobec Spółki w dalszym ciągu pełni KHK S.A., którego z kolei właścicielem jest Miasto Kraków.

MPK Spółka Akcyjna jest przedsiębiorstwem użyteczności publicznej realizującym zadania własne gminy.